二者属于不同的查重系统，势必比对库和算法不一样，对待同一篇论文的看法也是不一样的，结果自然不一样。

第一，从论文查重的计算规则来看，万方论文查重是按照连续10个字以上重复即判定为该论文部分属于重复部分，而中国知网查重是连续6个字符相同就算是抄袭，哪怕一些句子中的主语和名词出现相同，即使连接词和虚词不同，也一样会被扫红。因此从计算规则来看，知网查重比万方高一些。

其次，跟知网相比，万方的数据库覆盖率比较小，中国知网论文查重系统的数据库覆盖范围是最为广泛的，连英文文献也收录在内；

就目前来看万方查重目前官网的价格是9元一万字符数，然而对中国知网查重检测系统而言，即便是最便宜的期刊论文查重也需要35元一篇（1.4万字符以内），从价格比对上来看，万方查重的价格优势明显。建议论文作者可以使用万方查重对初稿进行查重，但是，万不可以将其当成终稿的查重结果。